近年来，福建省食品药品监管系统大力开展信息化建设，不断加强内部管理、食品药品监管、服务企业信息化水平，工作效率得到明显提升。

　　管理信息化，提升效率。2007～2008年，福建省食品药品监督管理局选用高端视频网络终端设备，建立并运行了省、市、县“三位一体”的药品安全信息系统、视频会议系统、应急指挥系统和现场办公系统，该系统为及时、有效处理应急事件发挥了重要作用。

　　监管信息化，高效透明。为提升监管效率，该局开发专门软件，建立了全省假劣药品和稽查信息数据库，通过“电子通报”和实时数据查询，强化全省系统内部纵向和横向联系，实现“数字化稽查”，使稽查打假反应快速、全面准确。同时，建立特殊药品、中药注射剂、生物制品、血液制品网上监管系统，适时监控流向。在连江县、将乐县和宁德市蕉城区开展药品质量电子监管系统试点工作，对药品经营使用单位的药品购进、储存、销售和使用情况进行适时监控。